El entrenador comenzó a trabajar como entrenador asistente en el equipo de la NBA de Los Angeles Clippers en 2000 y fue el primer entrenador no estadounidense en entrenar a un equipo de la NBA. 

Kokoskov formó parte del cuerpo técnico en el campeonato de la NBA logrado por Detroit en 2004 y se convirtió en el primer entrenador europeo en ganar el campeonato de la NBA.

Igor Kokoskov también formó participó en  el equipo de la Conferencia Este en el partido All-Star de la NBA celebrado en Houston en 2006, siendo el primer europeo en hacerlo.

Kokoskov llegó a Phoenix en 2008 y hasta 2013 fue asistente en este equipo. Kokoskov fue entrenador asistente en Cleveland Cavaliers en la temporada 2013-14 y Orlando Magic en 2014-2015, y formó parte del equipo técnico del Utah Jazz entre 2015-18. 

Kokoskov, fue entrenador ayudante Zeljko Obradovic en la Selección Nacional Serbia-Montenegro en 2004-05, trabajó como entrenador en jefe de la Selección Nacional de Georgia entre 2008-2015. El entrenador serbio trabajó con Georgia en los campeonatos europeos de 2011, 2013 y 2015.

Kokoskov, llegó a entrenar el equipo nacional esloveno en 2016, logrando la medalla de oro en el Campeonato de Europa de 2017.

La Eslovenia de Kokoskov superó a Francia y Grecia en la primera ronda de este campeonato, luego derrotó a Ucrania, Letonia y España respectivamente, y llegó a la final, superando a Serbia en esta gira.

Igor Kokoskov fue nombrado entrenador en jefe del equipo nacional serbio en el verano de 2019, y aún continúa este puesto.

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